Nguyên nhân chính của tình trạng mất cân bằng giới tính khi sinh là tư tưởng trọng nam khinh nữ. Việc mong muốn có con trai đang xảy ra ngay trong những gia đình học vấn cao, tại khu vực thành thị chứ không chỉ tại khu vực nông thôn. Thậm chí, nhiều cuộc khảo sát đã chỉ ra rằng, tỷ lệ mất cân bằng giới tính khi sinh cao nhất trong nhóm các bà mẹ có học vấn cao, bởi cùng với tư tưởng mong con trai thì những người có học vấn cao sẽ có kiến thức, điều kiện lựa sinh con trai “hiệu quả” hơn. Mất cân bằng giới tính khi sinh sẽ dẫn đến tình trạng “thừa nam, thiếu nữ”, làm thay đổi cấu trúc dân số cùng nhiều hệ lụy khác như: phụ nữ kết hôn sớm; tỷ lệ ly hôn, tái hôn tăng cao; tăng bất bình đẳng giới. Thậm chí sẽ thiếu hụt lao động tại nhiều ngành nghề như giáo viên mầm non và tiểu học, hộ lý, y tá nữ... Nguy cơ gia tăng tệ nạn mại dâm, buôn bán phụ nữ, trẻ em.

Trước tình trạng này, Tổng Cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình khuyến cáo, các gia đình cần thay đổi quan niệm lạc hậu, cổ hủ về giới tính của con. Điều quan trọng không phải là sinh con giới tính gì, mà phụ huynh cần chú tâm chăm lo để con cái khỏe mạnh, được giáo dục tốt, trở thành người có ích cho gia đình, xã hội.